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O nome se deve ao Rio Atuba. O termo “Atuba” vem do idioma Tupi Guarani, mas há controvérsias sobre seu significado: o historiador Ermelino de Leão afirma que documentos antigos mencionam o bairro pela denominação de Ubatuba, que se transformou em Vatuba, contraindo depois para forma atual de Atuba. Júlio Moreira, por sua vez, diz que o nome Atuba significa “chácara com árvores cheias de frutas”. Já o Dicionário Tupi Guarani de Orlando Bordoni mostra Atuba como significado para a nuca ou a parte elevada da cabeça.